| 2006 - ALMA Awards |
| Gewonnen: Beste regisseur van een televisie drama of comedy (Jesús Salvador Treviño) Nominatie: Beste bijrol acteur in een televisieserie (Amaury Nolasco) |
| 2006 - Saturn Awards |
| Nominatie: Beste acteur voor een tv-programma (Wentworth Miller) Nominatie: Beste tv-programma op een televisienetwerk |
| 2006 - Eddie Awards |
| Nominatie: Beste videobewerking van een uurdurend programma op de commerciële televisie (Mark Helfrich voor de pilot-aflevering) |
| 2006 - Emmy Awards |
| Nominatie: Beste titelmuziek (Ramin Djawadi, componist) |
| 2006 - Golden Globe |
| Gewonnen: Beste dramaserie op tv Nominatie: Beste Mannelijke Acteur in een drama-televisieserie (Wentworth Miller) |
| 2006 - People's Choice Awards |
| Gewonnen: Favoriete nieuwe televisiedrama |
| 2006 - Satellite Awards |
| Nominatie: Beste acteur in een bijrol in een televisieserie (Robert Knepper) |
| 2006 - Teen Choice Awards |
| Nominatie: TV - Beste acteur (Wentworth Miller) Nominatie: TV - Beste serie Nominatie: TV - Beste nieuwkomer (Wentworth Miller) Nominatie: TV - Beste sidekick (Amaury Nolasco) |
| 2006 - TCA Awards |
| Nominatie: Beste nieuwe programma van het jaar |
| 2007 - Golden Reel Awards |
| Nominatie: Beste geluidsmontage voor televisie - korte vorm (David Klotz, 'Disconnect') Nominatie: Beste montage in geluidseffecten voor televisie - korte vorm ('Disconnect') |
| 2007 - TP de Oro (Spaanse Awards) |
| Nominatie: Beste buitenlandse serie |
| 2007 - Teen Choice Awards |
| Nominatie: Beste TV Acteur in Drama (Wentworth Miller) Nominatie: Beste TV slechterik (Robert Knepper) |